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dnaman汉化版官方安装包下载_dnaman软件下载中文版v6.0.3.99

DnaMan汉化版

版本:v6.0.3.99
类别:其他软件
大小:15.18 MB
时间:2024-08-27
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软件介绍

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      DnaMan是一款用于基因数据分析的软件。软件提供了多种功能和工具来处理和分析DNA数据,帮助研究人员从基因组数据中提取有价值的信息,支持多种基因组数据的处理,包括基因组序列比对、突变分析和基因功能预测,提供序列比对、变异检测、序列注释等功能,帮助用户进行深入的基因组分析,能够处理各种基因数据格式,方便用户从不同来源导入数据。

    dnaman汉化版官方安装包下载_dnaman软件下载中文版v6.0.3.99

    软件特色

      1、DNA和蛋白质序列编辑

      2、DNA序列转化

      3、多序列比对,对齐编辑和分析

      4、系统树分析

      5、DNA或蛋白质序列的点阵比较

      6、DNA序列组装和编辑

      7、BLAST通过网络界面在Intranet / Internet Server上进行搜索

      8、序列和数据库中的增强型图案搜索

      9、SiRNA选择器

      10、限制分析

      11、绘制序列图与出版品质

      12、限制模式预测

      13、电子克隆

      14、从限制片段重建限制图

      15、静音突变分析创建/破坏限制性位点

      16、导向不匹配以创建/破坏限制站点

      17、翻译和密码子使用分析

      18、蛋白质疏水性/亲水性分析

      19、蛋白质表征:等电点的序列组成和预测

      20、蛋白质二级结构预测

      21、反向翻译

      22、PCR和测序引物的设计

      23、表征DNA或引物序列的热力学性质

      24、分歧分析

      25、管理寡核苷酸,DNA和蛋白质数据库

      26、生成随机序列

    软件功能

      ①、综合系统

      ②、Windows,OSX和Linux上的DNAMAN Desktop

      ③、序列操作

      1、序列输入

      DNAMAN序列是用关键字格式化的纯文本文件。该程序接受其他常见的序列格式,如GenBank,GCG,CUSTAL,FASTA,PIR和GDE。DNAMAN利用序列通道将活性序列保留在存储器中以进行快速计算。数据库也可用于帮助组织特定研究项目的序列。所有三个序列输入接口都可以在DNAMAN Desktop上访问。

      2、序列组成和转换

      DNAMAN使用简单的下拉菜单命令报告序列组成和分子量。它可以将序列转换为其反向,互补,反向互补,双链和RNA序列。

      4、序列搜索

      DNAMAN提供了序列搜索和比较的工具,包括核苷酸或氨基酸序列,共有序列,开放阅读框,重复序列。小干扰RNA(siRNA)选择工具可用于改善siRNA设计的质量。用户可以在DNAMAN程序中对NCBI数据库或其他基于Web的序列服务器执行BLAST搜索。

      5、限制分析

      DNAMAN为DNA序列的限制性分析提供直观的界面。结果可以显示为文本,限制图和限制图(琼脂糖凝胶)。其他工具包括电子克隆,从片段重建限制图,无声突变和定向不匹配。

      6、顺序组装

      DNAMAN使用快速准确的比对算法来组装大量序列。跟踪文件可以直接用于汇编。可以通过组装的序列集验证SNP。

      【同源性比较】

      (1)、点阵图

      可以使用dotplot在DNAMAN中分析大序列的同源区域。感兴趣的序列区域可以放大并直接对齐。

      (2)、两个序列比对

      DNAMAN提供许多快速或最佳算法来比对两个DNA或蛋白质序列。

      7、多序列比对

      DNAMAN使用ClustalW算法(Feng-Doolittle和Thompson)进行最佳对齐,使用全局对齐算法(Wilbur和Lipman)进行快速对齐。DNAMAN中的三种最佳比对提供了高质量的比对结果。使用快速比对方法,您可以快速比对大量的DNA或蛋白质序列。可以在多对齐序列编辑器中进一步修改或调整对齐。

      8、系统发育分析

      DNAMAN使用常用算法计算同源矩阵并建立所有序列对之间的相关距离。它可以产生距离矩阵,并从多个比对中绘制系统发育树或同源树。引导分析可用于系统发生树的置信度值。

      9、引物/寡核苷酸分析

      PCR Primer Design

      DNAMAN为PCR引物选择提供了许多控制标准。您可以通过设置目标DNA的区域,PCR产物的大小,引物特征,反应条件和引物配置来优化引物过滤。

      其他功能:可以分析寡聚引物的解链温度,互补性,引导错误,沉默突变和定向错配。

      10、蛋白质分析

      DNAMAN提供了许多蛋白质序列分析工具,包括DNA DNA中所有六个阅读框架的翻译,遗传密码表的变异,阅读框架概述,密码子使用分析,氨基酸组成,Hydrophathy分析,Charge和pI分析,二级结构预测和反向翻译。

      11、数据库管理

      DNAMAN使用标准关系数据库引擎Sqlite3来管理DNA /蛋白质序列和寡核苷酸序列。

      12、LBDraw(仅限Windows)

      13、在Internet上(仅限Windows)

      适用于Windows的内置DNAMAN Internet / Intranet浏览器

      DNAMAN提供了一个集成的Web浏览器来访问Internet或您的Intranet。您可以从brwoser加载序列以进行直接分析,您也可以使用Internet上的服务器。

    DnaMan使用说明

      一、将待分析序列装入Channel

      1、通过File|Open 命令打开待分析序列文件,则打开的序列自动装入默认Channel。(初始为 channel1)可以通过激活不同的channel(例如:channel5)来改变序列装入的Channel

      2、通过Sequence|Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。

      可以通过Sequence|Current Sequence|Analysis Defination 命令打开一个对话框,通过此对话框可以设定序列的性质(DNA 或蛋白质),名称,要分析的片段等参数

      二、以不同形式显示序列

      1、通过Sequence|Display Sequence 命令打开对话框

      2、根据不同的需要,可以选择显示不同的序列转换形式,可选择:

      1)显示序列和成分

      2)显示待分析序列的反向序列

      3)显示待分析序列的反向互补序列

      4)显示待分析序列的互补序列

      5)显示待分析序列的双链序列

      6)显示待分析序列的对应RNA序列

      3、参数说明如下

      Results 分析结果显示

      其中包括:

      Show summary(显示概要) Show sites on sequence(在结果中显示酶切位点)

      Draw restriction map(显示限制性酶切图)Draw restriction pattern(显示限制性酶切模式图)

      Ignore enzymes with more than(忽略大于某设定值的酶切位点)

      Ignore enzymes with less than(忽略小于某设定值的酶切位点)

      Target DNA (目标DNA 特性)

      circular(环型DNA),dam/dcm methylation(dam/dcm 甲基化)all DNA in Sequence Channel(选择此项,在Sequence Channel 中的所有序列将被分析, 如果选择了Draw restriction pattern,那么当所有的channel 中共有两条DNA 时,则只能选择两个酶分析,如果共有三个以上DNA 时,则只能用一个酶分析。

      三、序列同源性分析

      1)两序列同源性分析

      1、通过Sequence|Two Sequence Alignment 命令打开对话框

      2、参数说明如下

      Alignment method 比对方法,通常可选Quick(快速比对)或Smith&Waterman(最佳比对),当选择快速比对时,设置较小的k-tuple 值,可以提高精确度,当序列较长时,一般要设置较大的k-tuple 值。(dna 序列:k-tuple 值可选范围2—6;蛋白质序列:k-tuple 值可选范围1—3

      2)多序列同源性分析

      1、通过打开Sequence|Multiple Sequence Alignment 命令打开对话框

      2、参数说明如下

      a、从文件中选择参加比对的序列

      b、从文件夹中选择参加比对的序列

      c、从channel 中选择参加比对的序列

      d、从数据库中选择参加比对的序列

      e、清除选择的序列(鼠标点击左边显示框中的序列名选择)

      f、清除全部序列