软件介绍
DnaMan是一款用于基因数据分析的软件。软件提供了多种功能和工具来处理和分析DNA数据，帮助研究人员从基因组数据中提取有价值的信息，支持多种基因组数据的处理，包括基因组序列比对、突变分析和基因功能预测，提供序列比对、变异检测、序列注释等功能，帮助用户进行深入的基因组分析，能够处理各种基因数据格式，方便用户从不同来源导入数据。
软件特色
1、DNA和蛋白质序列编辑
2、DNA序列转化
3、多序列比对，对齐编辑和分析
4、系统树分析
5、DNA或蛋白质序列的点阵比较
6、DNA序列组装和编辑
7、BLAST通过网络界面在Intranet / Internet Server上进行搜索
8、序列和数据库中的增强型图案搜索
9、SiRNA选择器
10、限制分析
11、绘制序列图与出版品质
12、限制模式预测
13、电子克隆
14、从限制片段重建限制图
15、静音突变分析创建/破坏限制性位点
16、导向不匹配以创建/破坏限制站点
17、翻译和密码子使用分析
18、蛋白质疏水性/亲水性分析
19、蛋白质表征：等电点的序列组成和预测
20、蛋白质二级结构预测
21、反向翻译
22、PCR和测序引物的设计
23、表征DNA或引物序列的热力学性质
24、分歧分析
25、管理寡核苷酸，DNA和蛋白质数据库
26、生成随机序列
软件功能
①、综合系统
②、Windows，OSX和Linux上的DNAMAN Desktop
③、序列操作
1、序列输入
DNAMAN序列是用关键字格式化的纯文本文件。该程序接受其他常见的序列格式，如GenBank，GCG，CUSTAL，FASTA，PIR和GDE。DNAMAN利用序列通道将活性序列保留在存储器中以进行快速计算。数据库也可用于帮助组织特定研究项目的序列。所有三个序列输入接口都可以在DNAMAN Desktop上访问。
2、序列组成和转换
DNAMAN使用简单的下拉菜单命令报告序列组成和分子量。它可以将序列转换为其反向，互补，反向互补，双链和RNA序列。
4、序列搜索
DNAMAN提供了序列搜索和比较的工具，包括核苷酸或氨基酸序列，共有序列，开放阅读框，重复序列。小干扰RNA（siRNA）选择工具可用于改善siRNA设计的质量。用户可以在DNAMAN程序中对NCBI数据库或其他基于Web的序列服务器执行BLAST搜索。
5、限制分析
DNAMAN为DNA序列的限制性分析提供直观的界面。结果可以显示为文本，限制图和限制图（琼脂糖凝胶）。其他工具包括电子克隆，从片段重建限制图，无声突变和定向不匹配。
6、顺序组装
DNAMAN使用快速准确的比对算法来组装大量序列。跟踪文件可以直接用于汇编。可以通过组装的序列集验证SNP。
【同源性比较】
（1）、点阵图
可以使用dotplot在DNAMAN中分析大序列的同源区域。感兴趣的序列区域可以放大并直接对齐。
（2）、两个序列比对
DNAMAN提供许多快速或最佳算法来比对两个DNA或蛋白质序列。
7、多序列比对
DNAMAN使用ClustalW算法（Feng-Doolittle和Thompson）进行最佳对齐，使用全局对齐算法（Wilbur和Lipman）进行快速对齐。DNAMAN中的三种最佳比对提供了高质量的比对结果。使用快速比对方法，您可以快速比对大量的DNA或蛋白质序列。可以在多对齐序列编辑器中进一步修改或调整对齐。
8、系统发育分析
DNAMAN使用常用算法计算同源矩阵并建立所有序列对之间的相关距离。它可以产生距离矩阵，并从多个比对中绘制系统发育树或同源树。引导分析可用于系统发生树的置信度值。
9、引物/寡核苷酸分析
PCR Primer Design
DNAMAN为PCR引物选择提供了许多控制标准。您可以通过设置目标DNA的区域，PCR产物的大小，引物特征，反应条件和引物配置来优化引物过滤。
其他功能：可以分析寡聚引物的解链温度，互补性，引导错误，沉默突变和定向错配。
10、蛋白质分析
DNAMAN提供了许多蛋白质序列分析工具，包括DNA DNA中所有六个阅读框架的翻译，遗传密码表的变异，阅读框架概述，密码子使用分析，氨基酸组成，Hydrophathy分析，Charge和pI分析，二级结构预测和反向翻译。
11、数据库管理
DNAMAN使用标准关系数据库引擎Sqlite3来管理DNA /蛋白质序列和寡核苷酸序列。
12、LBDraw（仅限Windows）
13、在Internet上（仅限Windows）
适用于Windows的内置DNAMAN Internet / Intranet浏览器
DNAMAN提供了一个集成的Web浏览器来访问Internet或您的Intranet。您可以从brwoser加载序列以进行直接分析，您也可以使用Internet上的服务器。
DnaMan使用说明
一、将待分析序列装入Channel
1、通过File|Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。（初始为 channel1）可以通过激活不同的channel（例如：channel5）来改变序列装入的Channel
2、通过Sequence|Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。
可以通过Sequence|Current Sequence|Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数
二、以不同形式显示序列
1、通过Sequence|Display Sequence 命令打开对话框
2、根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式，可选择：
1）显示序列和成分
2）显示待分析序列的反向序列
3）显示待分析序列的反向互补序列
4）显示待分析序列的互补序列
5）显示待分析序列的双链序列
6）显示待分析序列的对应RNA序列
3、参数说明如下
Results 分析结果显示
其中包括：
Show summary（显示概要） Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点）
Draw restriction map（显示限制性酶切图）Draw restriction pattern（显示限制性酶切模式图）
Ignore enzymes with more than（忽略大于某设定值的酶切位点）
Ignore enzymes with less than（忽略小于某设定值的酶切位点）
Target DNA （目标DNA 特性）
circular（环型DNA），dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）all DNA in Sequence Channel（选择此项，在Sequence Channel 中的所有序列将被分析， 如果选择了Draw restriction pattern，那么当所有的channel 中共有两条DNA 时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA 时，则只能用一个酶分析。
三、序列同源性分析
1）两序列同源性分析
1、通过Sequence|Two Sequence Alignment 命令打开对话框
2、参数说明如下
Alignment method 比对方法，通常可选Quick（快速比对）或Smith&Waterman（最佳比对），当选择快速比对时，设置较小的k-tuple 值，可以提高精确度，当序列较长时，一般要设置较大的k-tuple 值。（dna 序列：k-tuple 值可选范围2—6；蛋白质序列：k-tuple 值可选范围1—3
2）多序列同源性分析
1、通过打开Sequence|Multiple Sequence Alignment 命令打开对话框
2、参数说明如下
a、从文件中选择参加比对的序列
b、从文件夹中选择参加比对的序列
c、从channel 中选择参加比对的序列
d、从数据库中选择参加比对的序列
e、清除选择的序列（鼠标点击左边显示框中的序列名选择）
f、清除全部序列
